亚非语言文学系成立于2009年，由原东方语言文化系的部分专业整合组建。下设三个教研室：蒙古语言文化教研室、东方语言文学教研室和非洲语言文化教研室。现有在职教师6名，其中教授3名、副教授1名、助理教授1名、讲师1名。附设一个研究机构——北京大学蒙古学研究中心。
本科生教学：现代蒙古语。同时，亚非系为全校开设东方文学、非洲文化与社会、泰戈尔导读以及各类非洲本土语言课程（斯瓦希里语、豪萨语、阿姆哈拉语、约鲁巴语、伊博语）。
研究生培养方向：亚非语言文学专业——东方文学、非洲文学与文化、蒙古语言文化、跨境语言学与满通古斯语族比较研究方向，授予硕士、博士学位。
蒙古语言文化教研室成立于1949年，是国内最早开始从事蒙古国通用的喀尔喀方言与西里尔蒙古文教学和科研的单位。70年来，培养了大批优秀毕业生，他们活跃在外交、外贸、文化、新闻、教育、教学科研等各个领域，为发展中蒙友好关系和增进两国人民的友谊做出了重要贡献。
东方文学教研室成立于1978年，是国内最早开始培养东方文学方向硕士研究生和东方民间文学、东方作家文学方向博士研究生的教学和科研单位。季羡林先生担任首任教研室主任。东方文学教研室面向全校开设“东方文学”系列课程，组织编写了《东方文学史》《东方文学简明词典》《东方文学作品选》等。
非洲文学与文化研究方向研究生培养始于 2009 年，非洲语言文化教研室正式成立于2022年。目前设有非洲文学与文化硕士学位和非洲语言文化博士学位，并面向全校开设“非洲文化与社会”系列课程。与国内外、包括非洲本土的非洲研究机构密切合作，旨在培养掌握非洲语言、熟悉非洲文化与社会、并且综合素质过硬的非洲研究和中非人文交流等领域相关人才。
蒙古学研究中心成立于2004年。中心依托北京大学人文社会科学的雄厚底蕴及国别研究的学科优势，有效整合北京大学和其他兄弟院校的研究力量，形成跨院系、跨学科的学术团队，致力于推进蒙古国问题的高水平综合研究，取得了丰硕的成果，已在蒙古学研究方面形成学界公认的研究特色与优势。
跨境语言学与满通古斯语族比较研究方向致力于整合我国满通古斯语文的专家和人才，为阿尔泰语系跨境语言研究做出了重要贡献。
本系自成立以来，以进一步发展与完善亚非语言文学学科为宗旨，致力于推进非洲语言文化研究、跨境语言学研究的建设，以期拓展亚非语言文学系学术研究的广度和深度。
